מבין עשרות הפעולות החשאיות שבהן השתתף מורנו, ואת חלקן הוביל, הותרו לפרסום שתיים. בשנת 1994 השתתף מורנו במבצע עוקץ ארסי, שבמהלכו נחטף מוסטפא דיראני מביתו שבלבנון. בשנת 2003 פיקד על מבצע לחילוץ נהג המונית אליהו גוראל שנחטף בידי פלסטינים והוחזק במרתף בביתוניא.
לאחר שהפסקת האש במלחמת לבנון השנייה נכנסה לתוקף, הוביל מורנו כמאה לוחמים בפעולה באזור בעל בק, אליה הגיעו בשני מסוקי יסעור, כשהם מחופשים לחיילי צבא לבנון. הידיעה על הפעילות דלפה לכלי התקשורת הלבנוניים ולחזבאללה, אך בחדר הפיקוד במטכ”ל הוחלט להשלימה. לאחר שהפעולה הושלמה בהצלחה,כשהכוח עשה דרכו חזרה, נתקל הכוח במארב של חזבאללה, ומורנו, שישב בג’יפ, נפגע ונפטר מפצעיו זמן קצר לאחר מכן הוא היה החלל הראשון של סיירת מטכ”ל שנהרג בפעולותיה מאז שנת 1994. נקבר בהר הרצל.
על פעילותו הביטחונית, כולל הפעולה שבה נהרג, הוטל איפול כבד, והוא חייל צה”ל הראשון שגם אחרי מותו נאסרה תמונתו לפרסום עד היום.
“עוז רוחו ואומץ ליבו היוו סמל ומופת ללוחמי היחידה, עת הובילם בארץ אוייב. מסירותו, נחישותו ויכולותיו המקצועיות הגבוהות באו לידי ביטוי לכל אורך שרותו, בהתמדה וברציפות. סא”ל עמנואל מורנו ז”ל הוביל והשתתף בעשרות פעילויות מבצעיות עלומות לחיזוק
ביטחונה של מדינת ישראל” (ראש אמ”ן, האלוף עמוס ידלין, בעת הענקת הצל”ש לעמנואל, אחרי מותו).
